位于拉薩幸福路北面，東與墨如寺相連。占地面積為2100平方米（10.6廟）。下密院，藏語稱“舉麥扎倉”，是下部地區(qū)弘傳密法之所，屬藏傳佛教格魯派密院最高學(xué)府之一。
            　　
　　下密院始建于1433年（藏歷第七繞迥之水牛年），距今約五百七十年。系宗喀巴八大弟子（即：號(hào)稱為絳噶哇大師的嘉祥曲桑、上座桑炯瓦、上府仁欽堅(jiān)贊、上府強(qiáng)僧哇、垛丹·健白嘉措、格西喜饒?jiān)?、杰尊·喜饒僧格、格西白炯瓦）中的第七位杰尊·吉饒僧格所?chuàng)建。杰尊·喜繞僧格生于1382年（藏歷第六繞迥之水狗年），出生于后藏古爾瑪?shù)胤健８该ぐ同敳?，母名曲古扎西。幼年入納塘寺依珠巴·吉繞堪欽為師受沙彌戒，研習(xí)各派教法，其中對(duì)香巴噶舉教法造詣最深。1401年游學(xué)各地，來到前藏在色拉曲頂聽宗喀巴講授顯密教法，深得精要。1419年（藏歷第七繞迥之土狗年）秋，宗喀巴為哲蚌寺阿扎倉大威德金剛本尊開光后到色拉曲頂講授密法。法會(huì)上宗喀巴大師對(duì)眾弟子再三諭以：“吾之密法誰能繼承弘揚(yáng)之？”而無人敢承受。這時(shí)，杰尊·喜繞僧格起立恭答：“大師的密法，弟子能繼承發(fā)揚(yáng)！”宗喀巴甚悅，當(dāng)即賜以各種密宗法器、經(jīng)籍，并勉其勤奮弘揚(yáng)，利益“有情”（即有生命的所有生靈）。杰尊·喜饒僧格遵照宗喀巴旨意先在桑布通蒙扎倉（即山南的那繞達(dá)布扎倉）為基地弘傳密法，后于1426年與師兄根敦珠巴結(jié)伴到后藏弘傳講演顯宗各部精要后而返前藏，并在1433年在拉薩興建密宗院，后由其弟子杰·貢嘎頓珠在拉薩河上游一帶弘傳所授密法，在小昭寺建立了上部密宗院，因喜饒僧格的密宗始于拉薩，故稱為“下密院”。1445年圓寂，享年63歲。
            　　
　　下密院主要建筑包括經(jīng)堂、佛殿、辯經(jīng)場、印經(jīng)房等。其中無論建筑規(guī)模和藝術(shù)價(jià)值都以主殿為最。主殿設(shè)在密院中央，坐北朝南，高四層，有房屋七十余間。底層南部為大經(jīng)堂，北部為佛殿，中有5門相通。經(jīng)堂占地面積882平方米，開間較大，有柱48根，正中4柱直通二三層承托高敞天窗，可容五百余名僧人誦經(jīng)；四壁遍繪壁畫，內(nèi)容多為格魯派故事。東側(cè)室房內(nèi)有柱12根，供有泥塑佛像3尊。經(jīng)堂大門兩有巨大幅護(hù)法神壁畫6幅。佛殿面積為415平方米，西有廂廊。殿內(nèi)主供宗喀巴大師三徒泥塑彩繪像，高約10米；左右為護(hù)法神殿，高約10米；左右為護(hù)法神殿，供有護(hù)法神像。主殿二層平面呈“冂”形，北端殿堂內(nèi)供有無量壽佛和觀音菩薩泥塑像，余皆為佃舍；主殿三層亦為僧舍；主殿四層為達(dá)賴住所，面積較小，僅有1柱。在主殿西邊有一辯經(jīng)場，中為露天場地，周圍是回廊建筑，其南與印經(jīng)房相通。主殿正前方43米處原為密院大門，40米處為二門，兩門左右都是東西排列的僧舍，現(xiàn)已拆除新建。
            　　
　　下密院規(guī)定僧額為500人，編有5個(gè)康村，設(shè)堪布1人、喇嘛翁則1人，都是任期三年；強(qiáng)佐4人，任期四年；格貴1人，任期一年。上述僧職均須報(bào)請(qǐng)達(dá)賴或攝政審查任免，其職責(zé)與上密院相同。該寺在“十年動(dòng)亂”中慘遭破壞，十一屆三中全會(huì)以后政府撥款修復(fù)，現(xiàn)有寺僧五十余人從事密教的修學(xué)。